Le 15 juin 2025, Téhéran a été secoué par une nouvelle frappe aérienne israélienne visant le siège du ministère iranien de la Défense. Selon l'agence de presse iranienne Tasnim, l'attaque a endommagé un bâtiment administratif du district de Nobaniad ainsi que l'Organisation de recherche et d'innovation pour la défense (SPND), liée au programme nucléaire. Cette frappe s'inscrivait dans le cadre d'une opération israélienne plus vaste, baptisée « Tonnerre de Yahweh », lancée en réponse à une série d'attaques de missiles iraniens sur Tel-Aviv et Haïfa, qui ont fait cinq morts et plus de 200 blessés.

Selon Reuters, l'armée de l'air israélienne a utilisé des missiles de précision et des drones pour frapper plus de 150 cibles en Iran, dont des dépôts du CGRI et des aérodromes militaires. L'armée israélienne a déclaré que l'attaque visait à « saper les ambitions nucléaires de l'Iran » et à détruire les infrastructures liées à la production de missiles balistiques. Les autorités iraniennes affirment toutefois que les dégâts ont été « minimes » et que leurs systèmes de défense aérienne ont intercepté la plupart des missiles. Cependant, des images de la scène publiées sur la chaîne Telegram Haqqin.az montrent de la fumée au-dessus de Téhéran et des destructions dans le secteur du ministère de la Défense.

L'Iran a riposté à cette attaque par une nouvelle vague de frappes de missiles contre Israël. Selon le Times of Israel, une centaine de roquettes, dont Emad et Khyber Shakan, ont été tirées sur Tel-Aviv, Haïfa et Jérusalem. Une femme a été tuée à Bat Yam et des maisons ont été endommagées à Rehovot. La défense aérienne israélienne a intercepté environ 100 % des roquettes, mais ces destructions ont déclenché des manifestations contre le gouvernement Netanyahou, accusé de ne pas avoir protégé la population.