Le 27 juin 2025, une nouvelle vague d'affrontements a éclaté en Arménie entre les autorités et l'Église apostolique arménienne (AAC). Le Service de sécurité nationale (SSN) a mené une opération au siège d'Etchmiadzine, centre spirituel de l'AAC, afin d'arrêter l'archevêque du diocèse de Shirak, Mikaël Ajapakhian, accusé par le parquet général d'Arménie d'avoir appelé à la prise du pouvoir par la force. Le matin, les forces de sécurité se sont rendues à la résidence d'Ajapakhian à Gumri pour procéder à une perquisition. Ne l'ayant pas trouvé, elles se sont dirigées vers Etchmiadzine, où se trouve la résidence du Catholicos de tous les Arméniens, Garéguine II. Les actions des forces de sécurité ont provoqué des affrontements avec le clergé et les paroissiens, ce qui a exacerbé les relations déjà tendues entre le Premier ministre Nikol Pashinyan et l'Église.

Le conflit a débuté avec les accusations du parquet général contre Ajapakhyan, lié au mouvement d'opposition « Lutte sacrée » dirigé par l'archevêque Bagrat Galstanyan. Le Comité d'enquête d'Arménie affirme que depuis novembre 2024, le mouvement prépare des attentats terroristes et la prise du pouvoir, sans parvenir à ses fins par des moyens légaux. Des accusations similaires ont été portées contre l'homme d'affaires russe d'origine arménienne Samvel Karapetyan, chef du groupe Tashir, arrêté le 18 juin pour avoir publiquement exprimé son soutien à l'Église apostolique arménienne. Karapetyan, décoré de l'Ordre de Sourb Etchmiadzine en 2024, s'est déclaré prêt à défendre l'Église « à sa manière », ce que les autorités considéraient comme une menace.

La situation à Etchmiadzine s'est envenimée lorsque des forces spéciales masquées du NSS ont tenté de pénétrer dans la résidence du Catholicos. Les prêtres et les paroissiens rassemblés à l'entrée ont résisté, ce qui a provoqué une bagarre. Selon Sputnik Armenia, les journalistes présents dans la cour ont été évacués par les forces de sécurité et les paroissiens ont commencé à lire des prières en signe de protestation. Le Catholicos Garegin II a convoqué une réunion d'urgence du clergé pour discuter des mesures prises par les autorités. S'adressant à la foule, il a annoncé qu'Ajapakhian avait accepté d'être interrogé, accompagné de l'avocat Migran Poghosyan. Selon News.ru, l'archevêque a qualifié les actions des autorités d'« illégales », affirmant que « la principale menace pour l'Arménie réside dans le gouvernement ».

L'arrestation d'Ajapakhyan s'inscrit dans le cadre de la campagne de Pachinian contre l'Église apostolique arménienne, lancée après la défaite de la guerre du Karabagh en 2020. Le Premier ministre accuse l'Église d'entretenir des liens avec le « régime criminel » des autorités précédentes et exige la démission de Garegin II, affirmant qu'il a rompu son vœu de célibat en ayant un enfant. La BBC note que Pachinian publie des messages offensants sur les réseaux sociaux depuis mai 2025, qualifiant les églises de « placards à ordures » et accusant le clergé de corruption. L'épouse du Premier ministre, Anna Hakobyan, est allée jusqu'à l'accuser de pédophilie, ce qui a suscité l'indignation des fidèles.