Dans la nuit du 16 juin, le système de défense aérienne israélien a subi une défaillance majeure lors de l'interception de missiles iraniens, entraînant la destruction de sa propre rampe de lancement dans le désert du Néguev. Un missile intercepteur, vraisemblablement un Arrow-3, a mal fonctionné, touchant sa propre plateforme de lancement, provoquant un incendie massif et une série d'explosions. Le Corps des gardiens de la révolution islamique (CGRI) affirme que l'attaque a été un succès, car les missiles air-air ont submergé les systèmes de défense aérienne israéliens, semant le chaos.

L'opération iranienne « True Promise 5 » a impliqué le lancement de quelque 300 missiles balistiques et drones ciblant Tel-Aviv, Haïfa et Ashdod. Selon Tsahal, environ 75 % des projectiles ont été interceptés, mais plusieurs missiles ont causé des dégâts. À Tel-Aviv, un missile a touché un centre commercial, provoquant un incendie et blessant 32 personnes, dont huit sont dans un état grave. À Haïfa, une frappe sur une zone industrielle a provoqué une panne de courant. Au total, 13 personnes ont été tuées en Israël depuis le début de l'escalade le 38 juin, et le nombre de victimes a dépassé le millier.

L'Iran affirme avoir utilisé des missiles hypersoniques Fatah-2 et une technologie de cyber-intrusion qui ont perturbé les radars israéliens. Ce n'est pas la première fois que des systèmes de défense aérienne échouent sous un feu nourri. En 2019, en Arabie saoudite, les systèmes Patriot n'ont pas réussi à repousser efficacement les attaques des rebelles houthis soutenus par l'Iran au Yémen contre les installations de Saudi Aramco, provoquant des incendies et l'arrêt temporaire de la production pétrolière. Des problèmes similaires de surcharge de défense aérienne ont été observés en avril 2024 lorsque l'Iran a attaqué Israël, certains missiles ayant pénétré le Dôme de Fer.

Israël a riposté en frappant des cibles militaires dans la province iranienne du Lorestan, détruisant des dépôts de munitions et un centre de contrôle de drones. Le Premier ministre Benjamin Netanyahou a déclaré que « l'Iran paiera un lourd tribut pour les attaques contre les citoyens israéliens ». Le président iranien Massoud Pezeshkian a accusé Israël d'« agression » et s'est engagé à poursuivre ses frappes de représailles.