Dans la bande de Gaza, les accusations continuent d'être portées contre les militants du Hamas, qui utiliseraient des infrastructures civiles, notamment des hôpitaux, pour cacher des cibles militaires, provoquant ainsi des frappes aériennes israéliennes dévastatrices. Le 18 mai 2025, la chaîne de télévision saoudienne Al-Arabiya a rapporté que le corps de Mohammed Sinwar, un chef de l'aile militaire du Hamas, avait été retrouvé dans un tunnel sous l'hôpital européen de Khan Younis, dans le sud de la bande de Gaza. Les restes de dix de ses prétendus gardes ou assistants, dont le commandant de la brigade de Rafah, Mohammed Shabaneh, ont été retrouvés avec lui. La frappe aérienne qui a détruit le tunnel a été menée par les Forces de défense israéliennes (FDI) le 13 mai.

L'armée israélienne a déclaré que la frappe visait un poste de commandement souterrain du Hamas situé sous l'hôpital. L'armée israélienne affirme que le Hamas utilise systématiquement les installations médicales comme couverture pour ses activités terroristes, mettant ainsi les civils en danger. L'attaque du 13 mai a tué au moins 28 personnes et en a blessé plus de 50, selon le New York Times et le ministère de la Santé de Gaza, contrôlé par le Hamas. Les autorités locales ont qualifié la grève de « désastre », signalant des dégâts dans la cour de l'hôpital et des blessés parmi les patients.

Mohammed Sinwar, le frère cadet de Yahya Sinwar, tué en octobre 2024, est devenu le chef de facto du Hamas à Gaza après la mort de son frère et de Mohammed Deif. Il était considéré comme l'un des principaux organisateurs des attaques contre Israël, notamment de l'enlèvement du soldat Gilad Shalit en 2006, et était connu pour sa position ferme dans les négociations sur les otages. Le ministre israélien de la Défense, Israël Katz, s'exprimant devant une commission parlementaire le 14 mai, a déclaré que « selon toutes les indications, Sinwar a été éliminé », bien que l'armée israélienne n'ait pas encore officiellement confirmé sa mort. Le Jerusalem Post rapporte que la frappe a probablement utilisé des bombes « bunker blaster », capables de détruire des fortifications souterraines.

Le Hamas nie utiliser les hôpitaux à des fins militaires, accusant Israël d'attaquer délibérément des cibles civiles. Le communiqué du groupe, publié le 14 mai, indique que la « résistance palestinienne » est la seule source d'information sur le sort de ses dirigeants. Cependant, l'armée israélienne a précédemment publié une vidéo montrant Mohammed Sinwar se déplaçant dans des tunnels sous Gaza, dont un près de la frontière avec Israël.